2006-2007

Cena perdait le WWE Championship au premier pay-per-view de 2006, New Year's Revolution, mais pas dans l'Elimination Chamber match qui était l'événement où il devait défendre son titre. En effet, juste après sa victoire dans l'Elimination Chamber, Edge décidait d'encaisser son Money in the Bank qui lui garantissait un match de championnat, et ainsi après deux rapides spears il battait Cena pour le titre.[67] Le règne de Cena de 280 jours prenait fin, battant le record de l'ancien champion JBL.[68] Juste trois semaines plus tard, Cena récupérait le titre au Royal Rumble.[67] Après avoir récupéré son bien Cena était placé dans une feud contre Triple H, au cours delaquelle le public semblait une fois de plus huer le face — Cena — et encourager le heel — Triple H.[69],[70] La réaction négative s'intensifait encore plus quand il affrontait Rob Van Dam (qui encaissait lui aussi son Money in the Bank, qu'il a remporté à WrestleMania 22) à ECW One Night Stand en juin. Dans le Hammerstein Ballroom — l'une des anciennes base de la Extreme Championship Wrestling, la majeure partie du public "old school" de fans de la ECW, traitait Cena avec ranc½ur en entamant des chants "Fuck you, Cena", "You can't wrestle", ou encore "Same old shit". Lors de son entrée, il lança comme d'habitude son t-shirt à la foule, mais celle-ci lui renvoya ! Cena perdait le WWE Championship pour la seconde fois en 2006 à One Night Stand, battu par Van Dam après une intervention d'Edge.[71]

En juillet, après qu'Edge eut remporté le titre de Van Dam dans un Triple Threat match qui impliquait aussi Cena,[72] la feud du début d'année entre les deux était relancée. Après qu'Edge eut conservé le titre de manière douteuse — se faisant disqualifier[73] (le titre ne pouvant changer de mains), et utilisant un poing américain[74] — introduisait sa propre version de la ceinture customisée de Cena, celle-ci avec un logo placé à la place de la roue.[75] Cena récupérait finalement le titre dans un Tables, Ladders, and Chairs match au pay-per-view Unforgiven en septembre, dans un match qui stipulait que si Cena perdait il devait quitter RAW[76] pour aller à SmackDown!.[77] Il ramenait la précédente version de la ceinture le lendemain à RAW.[78] Cena était ensuite impliqué dans une storyline inter-division pour déterminer le "Champion des Champions" — le champion le plus dominant des trois divisions de la WWE. Cena, King Booker (World Heavyweight Champion de SmackDown!), et Big Show (Champion du Monde de la ECW ) s'engageaient dans une mini-feud menant à un Triple Threat match à Cyber Sunday en novembre, les fans votant pour le titre qui devait être défendu.[79] Au même moment, Cena était impliqué dans une storyline avec le non-catcheur Kevin Federline quand celui-ci commençait à apparaître à RAW avec Johnny Nitro et Melina. Après avoir été dans une altercation physique avec Federline à RAW,[80] Federline apparaissait à Cyber Sunday pour frapper Cena avec le World Heavyweight Championship pendant le Triple Threat match, aidant King Booker à conserver son titre.[81] 2006 prenait fin alors que Cena débutait une feud avec l'invaincu Umaga pour le titre de la WWE,[82] alors que 2007 débutait avec la fin de sa storyline avec Kevin Federline. Dans le premier RAW de la nouvelle année, Cena était battu par Federline (avec l'aide d'Umaga), bien que plus tard dans la soirée il ait pu se venger en portant un FU sur Federline.[83] Cena mettait fin à la série “d'invincibilité” d' Umaga à New Year's Revolution[84] avant qu'Umaga ne lui cause (kayfabe) une blessure à la rate,[85] alors qu'un match revanche était prévu au Royal Rumble, un Last Man Standing match. Le match cependant se déroulait et Cena conservait son titre.[86]

Le lendemain du Royal Rumble, la surprenante équipe de Cena et Shawn Michaels battait le Rated-RKO (Edge et Randy Orton) pour le World Tag Team Championship, faisant de Cena un double champion.[87] Le 2 avril à RAW, après avoir perdu un match pour le WWE Championship contre Cena à WrestleMania 23,[88] Michaels se retournait contre Cena, coûtant à l'équipe le titre dans la seconde bataille royale à 10 équipes en envoyant Cena par-dessus la troisième corde et éliminant ainsi l'équipe, alors que The Hardys (Matt et Jeff) récupéraient les ceintures.[89] Pour le reste du mois Cena rivalisait avec Michaels, Orton, et Edge jusqu'à ce que The Great Khali montre clairement ses intentions de défier Cena pour son titre en attaquant et "mettant à terre" les trois principaux aspirants au titre[90] avant d'attaquer Cena lui-même et de voler sa ceinture.[91] Les deux mois suivants, Cena rivalisait avec Khali pour le championnat, devenant finalement la première personne à la WWE à le battre par soumission à Judgment Day[92],[93] en mai alors qu'il le rebattait par tombé cette fois à One Night Stand en juin.[94],[95] Plus tard cet été, avant SummerSlam, Randy Orton était nommé aspirant numéro un au WWE championship,[96] commençant une feud entre les deux. Dans les semaines précédant le pay-per-view, Orton infligeait à Cena nombre d'attaques par derrière, lui portant trois RKO, et donnant un coup de pied à la tête du père de Cena. Lors du match à Summerslam Cena conservait le titre, l'emportant par tombé.[97] Un match revanche entre les deux s'est déroulé à Unforgiven, Orton l'emportant par disqualification car Cena ignora les instructions de l'arbitre et continua de frapper Orton dans le coin du ring.[98]

Le 1er octobre 2007 à RAW, Cena souffrait d'un muscle pectoral déchiré pendant un match face à Mr. Kennedy alors qu'il exécutait un hip toss.[99] Bien qu'il ait fini le match et encaissé les attaques de Randy Orton, il était opéré le lendemain, son muscle pectoral était complètement déchiré de l'os, blessure nécessitant entre 6 mois et 1 an d'absence[5],[100]. Résultat il se faisait retirer le titre, comme l'a annoncé Vince McMahon la nuit suivante à la ECW,[101] mettant fin à ce qui était le règne de champion WWE le plus long en 19 ans.[102] Son opération a été réalisée par le chirurgien James Andrews à l'hôpital St. Vincent à Birmingham en Alabama.

Autour de Survivor Series 2007 John Cena accorde une interview de la CNN. La journaliste lui demande s'il a déja pris des stéroïdes. John Cena répond: Absolumment pas. Mais ceci est coupé au montage à la diffusion et la réponse est autre chose: Vous ne prouverez jamais que j'en ai pris. Mr. McMahon prend alors le défense de John Cena et attaque la CNN. Quelques jours plus tard, la CNN rediffuse l'interview mais en intégralité sans montage et sans s'excuser.

Au RAW Tribute of the Troops en Irak diffusé le 24 décembre, Mr. McMahon vient déranger le show mais il est interrompu par le Père Noël. Après une longue discussion du Père Noël, Mr. McMahon lui reprend le micro et lui enlève le chapeau et la barbe et voit que c'est en fait John Cena! Il arrive même à lui faire un F-U avec sa blessure. Il salue les militaires et leur distribue des CD avec Layla, Kelly Kelly, Mickie James et Maria puis il repart pour terminer sa convalescence.


2008

Rivalité avec Randy Orton
Lors du Royal Rumble 2008 Cena fait son grand retour surprise en entrant en trentième et dernière position. Il remporte le Royal Rumble en éliminant Triple H avec le F-U. Etant le vainqueur du Royal Rumble, il obtient un match à WrestleMania XXIV pour le WWE Championship détenu par Randy Orton, il demande son match juste le soir suivant à Raw, Randy Orton décide d'accepter, mais seulement à No Way Out 2008. John Cena bat le champion de la WWE par disqualification lors du No Way Out 2008. Malgré la victoire, Cena n'obtient pas le titre en raison de la disqualification de Randy Orton.


Rivalité avec Triple H et Randy Orton
Il se venge en battant Randy Orton le 18 février dans un match où l'enjeu était un match de championnat à WrestleMania XXIV; match arbitré par l'autre prétendant au titre, Triple H. À WrestleMania XXIV, c'est un Triple Threat match entre John Cena, Randy Orton et Triple H pour le titre de la WWE . Lors de WrestleMania XXIV, il ne parvient pas à remporter la ceinture.


Rivalité avec Triple H, Randy Orton et JBL
Le 7 avril à Raw, Cena obtient une place pour la WWE Championship à Backlash 2008 contre Randy Orton, Triple H et JBL suite à sa victoire dans un Handicap match contre Triple H et JBL, un combat plutôt étrange lorsque Triple H attaque JBL et Randy Orton qui attaque Triple H et JBL. Il perd l'occasion de devenir le champion de la WWE à Backlash 2008 dans un Fatal Four Way Elimination match contre Triple H, JBL et Randy Orton.


Rivalité avec JBL
Dès son retour à Raw, il protège Mickie James du GM William Regal qui voulait lui faire déposseder et demande au GM de lui donner un nouveau match de revanche contre Randy Orton. Celui-ci accepte et promet que JBL n'interviendra pas. Promesse non-tenue puisqu'il change la stipulation en plein match qui devient un Special Referee avec JBL comme arbitre qui fait gagner Randy Orton. John Cena commence alors une feud contre JBL où Cena bat deux fois JBL à Judgment Day 2008 et à One Night Stand 2008 dans un First Blood match pour enfin finir leur rivalité. Pour faire saigner JBL il a profité d'une esquive pour prendre la chaîne et lui faire un STFU avec celle-ci pour que JBL saigne de la bouche.


Rivalité avec Triple H
John Cena devient le rival principal de Triple H en battant Jeff Hardy pour le titre de la WWE, le 2 juin à Raw. Il affrontera Triple H pour le WWE Championsip à Night Of Champions 2008. Lors de Night Of Champions, John Cena perd contre Triple H alors qu'il voulait lui porter son F-U mais Triple H le contre et lui porte un pedigree.


Rivalité avec JBL
Le 30 juin, il se fait exclure de l'arène par la sécurité de JBL, il reviendra avec les Cryme Tyme (JTG et Shad) pendant le match de JBL contre CM Punk pour s'occuper de la sécurité de JBL. Mais avant ça, il apparait accompagné des Cryme Tyme dans la limousine de JBL munit de battes de base-ball pour detruire la limousine sous les yeux de JBL à la fin, ils repaignent la limousine de JBL avec des tags, John Cena écrit les initiales CTC et forme avec JTG et Shad la Cryme Tyme Cenation.[103] mais Cena perd à The Great American Bash 2008 contre JBL dans un New York City Parking Lot Brawl.


Rivalité avec Batista
John Cena affrontera Batista à SummerSlam 2008, match annoncé le 28 juillet à Raw par le nouveau General manager Mike Adamle. Lors du Monday Night RAW diffusé le 4 Août, Batista et John gagnent leurs match par équipe pour devenir les nouveaux World Tag Team Champion en battant Ted DiBiase ,Jr. et Cody Rhodes. Il perd la ceinture dans un match revanche, le 11 août à RAW laissant éclater sa rivalité avec Batista. Lors du SummerSlam 2008, John Cena perd son match contre Batista après avoir résisté un spear et deux Batista Bomb. il souffre actuellement d'Hernie discale, selon les medecins, son absence sera au pire de quatre mois et au mieux de deux mois. Il a recu la visite à l'hopital de Triple H, Batista et le Big Show.

Vie personnelle
Il est l'aîné de ses quatre frères : Dan, Matt, Steve et Sean. Il a passé ses diplômes à la Cushing Academy avant de fréquenter le Springfield College de Springfield dans le Massachusetts. À l'université, il était un joueur de football américain dans les All-American en Division III, ce qui reste conservé en référence dans quelques unes de ses marchandises à la WWE. Il a passé ses diplômes avec succès à Springfield en 1998 en EPS et physiologie, en même temps qu'il poursuivait une carrière de bodybuilder et travaillait comme chauffeur pour une compagnie de limousines avant d'être impliqué dans le monde du catch.
Cena commençait à s'entraîner dans le but d'être catcheur en 2000, dans la filiale de la Ultimate Pro Wrestling, la « Ultimate University » basée en Californie. Une fois lancé, il utilisait une gimmick de robot connue sous le nom « The Prototype »,. Un document de Discovery Channel intitulé Wrestling School raconte cette période de sa carrière. Alors à la UPW, Cena détenait le UPW Heavyweight Championship pour environ un mois en avril 2000.
En 2001, la World Wrestling Federation (WWF) l'engage, en le plaçant sous contrat de développement à l'assignant à la Ohio Valley Wrestling (OVW), où il poursuivra son entraînement. Pendant son passage ici, il catchait en tant que The Prototype mais aussi Mr. P, et détenait le OVW Heavyweight Championship pendant trois mois et le OVW Southern Tag Team Championship (avec Rico Constantino) pour deux mois,,.
Cena est gaucher,[121] mais porte ses prises de la main droite et favorise son bras droit sur le ring. Malgré ses nombreuses rivalités avec Randy Orton, John Morisson, Carlito, Batista ceux-ci sont ses meilleurs amis dans la vie.
Cena est un fan connu de cartoons et a mentionné dans "Five Questions" que son film animé favori est Dragon Ball Z. Il a aussi signalé qu'il est un grand fan de la série de jeu vidéo Command & Conquer, disant que c'est le plus grand jeu de tous les temps parmi ses favoris.[122] Il est aussi un fan des Boston Red Sox.[123].